Foreningen har en bestyrelse, der består af formanden, næstformanden, kassereren og op til to yderligere medlemmer valgt af generalforsamlingen. Bestyrelsen fungerer som den politiske ledelse og er ansvarlig for foreningens daglige drift.

Manderådet har også et forretningsudvalg, der støtter formandskabet i ledelsen af foreningen. Formanden er formand for forretningsudvalget.

Generalforsamlingen er Manderådets øverste myndighed og afholdes mindst en gang om året. Alle medlemmer, der har betalt kontingent, har møde- og stemmeret på generalforsamlingen.

Manderådet kan også have samarbejdspartnere og støtter i form af enkeltpersoner, foreninger og organisationer.

Foreningens struktur er således opbygget omkring et formandskab, en bestyrelse og en generalforsamling, der alle spiller en vigtig rolle i at lede og drive Manderådet.